近日,我校水产学院鱼类遗传育种与增养殖团队成功构建了四指马鲅(Eleutheronema tetradactylum)的首个“近端粒到端粒”(Near T2T)级高质量全基因组图谱,相关成果发表于《Scientific Data》。该成果填补了该物种高精度基因组的空白,为遗传育种、种质保护和进化研究提供了关键的“数字地图”。
四指马鲅(俗称“马友鱼”“午鱼”)是重要经济鱼类,但此前因缺乏高质量基因组,其种群与性状研究长期受限,现有版本间隙多、连续性差,难以满足育种与功能基因研究需求。为解决这一瓶颈,研究团队采用PacBio HiFi高保真测序、Oxford Nanopore超长读长测序与Hi-C技术相结合的策略,实现高准确度与长片段拼接优势互补。新构建的基因组全长585.38 Mb,Contig N50达22.14 Mb,98.76%的序列成功锚定到26条染色体。值得关注的是,其中10条染色体实现了真正的端粒到端粒(T2T)无间隙组装,在鱼类基因组研究中极具先进性。BUSCO评估得分高达99.53%,表明该基因组在完整性和组装质量上均处于国际领先水平,是目前该物种质量最高的参考基因组。
该高质量基因组具有重要的产业与生态价值:一方面可精准支撑生长、抗病等关键性状基因挖掘,显著提升分子育种效率;另一方面为解析种群遗传结构和制定保护策略提供科学依据。
未来,团队将基于此开展性状关联分析和功能验证,并与国内外科研机构和企业合作推进分子育种与资源保护,助力渔业绿色发展。